בעת הניקוי, יש להשתמש בחומרי ניקוי מיוחדים ובמטלית רכה כדי לנגב בעדינות את חורי רשת גליל האנילוקס כדי למנוע מחפצים קשים לפגוע במבנה העדין שלו. הסרת אבק מפני השטח של גוף המכונה, מסילות ההדרכה ופתחי פיזור החום של מנוע הסרוו היא קריטית גם היא כדי להבטיח פיזור חום חלק ותנועה מכנית יציבה. תחזוקת הסיכה חייבת לעמוד בקפדנות במפרט הציוד, ולהוסיף באופן קבוע גריז שצוין למסילות ההדרכה, למיסבים ולרכיבים אחרים כדי להפחית את אובדן החיכוך ולשמור על דיוק לטווח ארוך של מכונת ההדפסה הפלקסוגרפית. בנוסף, בדיקות יומיות של איטום צינורות פנאומטיים והצטברות אבק בארונות חשמל יכולות למנוע ביעילות כשלים פתאומיים.

יציבות המערכת של מכונת הדפוס הפלקסוגרפית תלויה בתחזוקה כפולה של חומרה ותוכנה. למרות שמבנה תיבת ההילוכים ללא גיר מפשט את המורכבות המכנית, עדיין יש צורך לבדוק באופן קבוע את הידוק מנוע הסרוו ואת מתח הרצועה הסינכרונית כדי למנוע רפיון וסטיית רישום. מבחינת מערכת הבקרה, יש צורך לנטר את פרמטרי הנעת הסרוו בזמן אמת ולכייל את מערכת הרישום. רגישות חיישן המתח ומכשיר ספיחה בוואקום משפיעים ישירות על העברת החומר, וניקוי יומי ובדיקות פונקציונליות חיוניים. בשימוש ארוך טווח, ניהול החומרים המתכלים של המדפסת הפלקסוגרפית חשוב באותה מידה, כגון החלפה בזמן של להבי גירוד ושפופרות דיו ישנות, וגיבוי קבוע של פרמטרי הציוד כדי להתמודד עם אנומליות נתונים. בקרת טמפרטורה ולחות של סביבת הסדנה יכולה להפחית עיוות חומר והפרעות אלקטרוסטטיות, ולמטב עוד יותר את אפקט ההדפסה. רק באמצעות אסטרטגיות תחזוקה מדעיות ושיטתיות, מכונות דפוס פלקסוגרפיות יכולות להמשיך לממש את יתרונותיהן של דיוק גבוה ויעילות גבוהה, תוך שמירה על מאמצים להקל על אופטימיזציה מבנית וקידום טכנולוגי במערכת האקולוגית התעשייתית של הדפסת ואריזות.